หน่วยตรวจสอบภายใน
สถาบันศึกษาและสืบสานศิลปวัฒนธรรมสถาปัตยกรรมล้านนา (ไต)
ส่วนงานกิจการนิสิต
ส่วนงานเทคโนโลยีและสื่อการศึกษา
ส่วนงานนโยบายและแผน
ส่วนงานบริการการศึกษา
ส่วนงานบริการกลาง
ส่วนงานปฏิบัติการ
ส่วนงานวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา
ส่วนงานห้องสมุด
ส่วนงานอาคารและสถานที่
สำนักงานการศึกษาภาคพิเศษ
สำนักงานมหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา
สำนักวิชาเกษตรศาสตร์ และทรัพยากรธรรมชาติ
สำนักวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สำนักวิชาพยาบาลศาสตร์
สำนักวิชาเภสัชศาสตร์
สำนักวิชาวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์
สำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์
สำนักวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
สำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์
สำนักวิชาศิลปศาสตร์
สำนักวิชานิติศาสตร์
สำนักวิชาสหเวชศาสตร์
สำนักวิชาแพทยศาสตร์
สำนักวิชาพลังงานและสิ่งแวดล้อม
ศูนย์ปฎิบัติการวิชาชีพการโรงแรมและการท่องเที่ยว
ศูนย์บริการทางวิชาการ จ.เชียงราย
ส่วนงานการคลังและพัสดุ
ส่วนงานสวนและภูมิทัศน์
ผู้บริหาร